Bizarre, franchement, j'ai jamais été confronté à ce genre de problème.
Concernant la sauvegarde, elle ne concerne que les sauvegardes en gif ou tu ne peux pas non plus enregistrer en piv ? Parce que si tu peux conserver le piv c'est déjà ça.
Et concernant le problème de stk sache tout d'abord que lorsqu'ils ont été créés avec la V3 tu ne peux pas les ouvrir avec la V2. Donc fais bien attention à quelle version tu utilises. C'est pourquoi je te recommande la V3 qui est censée pouvoir ouvrir n'importe quelle ressource.
Ensuite garde bien en tête que la dernière version est une beta, et il est donc normal que des bugs subsistent (même si j'dois avouer que de mon côté j'en ai très peu). Donc théoriquement tu devrais avoir moins de problème si tu retournais à la V2, car celle-ci est bien plus stable. Par contre, comme dit plus haut, tu ne pourras pas ouvrir tous les stk dont tu disposes...
Bon, après pour être honnête j'sais pas trop comment t'aider. Fais-nous des captures d'écrans des divers problèmes et messages d'erreur que tu rencontres, ça sera sans doute bien plus explicite.